《黑莲花上位手册》主要讲述了护国公家的庶女宋昭的后宫复仇之旅。

宋氏母女被家中主母、父亲和同父异母嫡女姐姐三人组折磨被害，并被强行安排顶替长姐进入皇宫为妃，最终使用各种计谋，巧借她人之手，将上述「家中仇人」和后宫仇人一一剪除的快意恩仇故事。

剧情结构基本可以总结为复仇家中和复仇后宫，坏人众多，轮番出戏，帮助女主升级打怪，并最终位列六宫协管，即将成为唯一的掌鞭之人，留下了第二季吃饭睡觉打皇后的伏笔。